Contact : Jerôme chave – Jerômechave@univ-tlse3.fr

Introduction

L’atténuation de l’érosion de la biodiversité est un défi mondial et il est de plus en plus reconnu que la santé de la nature conditionne largement l’avenir de nos sociétés. Le rôle central de la biodiversité pour la santé et le bien-être de l’homme est désormais mieux pris en compte. En Amérique tropicale, réservoir majeur de biodiversité terrestre, ce défi est encore plus pressant, même si dans cette région nos connaissances sur la biodiversité sont les plus limitées. Le Groupe d’experts international sur la biodiversité et les services écosystémiques (en anglais)  : Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services, IPBES) a récemment produit des évaluations régionales, dont une pour les Amériques, et il est ressorti clairement de cette évaluation que les lacunes dans les connaissances constituent un obstacle majeur à la mise en œuvre de politiques efficaces de conservation de la biodiversité, en particulier pour les pays sud-américains.

Avec pas moins de 25 163 espèces de plantes et 6 222 espèces de vertébrés, la Colombie est l’un des principaux spots de biodiversité à l’échelle mondiale, le pays le plus riche en espèces de la planète, juste derrière le Brésil. Ce pays géographiquement unique présente de nombreuses zones longtemps inaccessibles et encore préservées du fait des tensions intérieures qu’a connues le pays ces dernières décennies. Ainsi la Colombie offre une opportunité fantastique pour l’étude de la biodiversité et la mise en œuvre d’outils innovants pour le suivi de la biodiversité.

Afin de renforcer les collaborations sur l’étude de la biodiversité entre la France et la Colombie, un International research project (IRP) du CNRS, appelé CEBACOL a été créé, en association avec le laboratoire Évolution, Diversité Biologique (EDB – CNRS/ Univ Toulouse III Paul Sabatier/IRD) et l’Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Humboldt (IAvH) à Bogota.

EDB s’est fortement impliquée dans la recherche sur la biodiversité néotropicale, notamment depuis 2011 à travers le laboratoire d’excellence CEBA (Centre d’Étude de la Biodiversité Amazonienne), qui opère en Guyane française, mais cherche à toucher d’autres pays néotropicaux. L’IAvH est une société civile à but non lucratif, créée par la loi 99 de 1993 et liée au Ministère de l’environnement et du développement durable de la Colombie. La mission de l’IAvH est de promouvoir, coordonner et mener des recherches fondamentales et appliquées sur la biodiversité continentale et les services écosystémiques qui contribuent à la connaissance, à la conservation et à l’utilisation durable de ces ressources.

La principale motivation de l’IRP CEBACOL est que toute tentative rigoureuse de mise en œuvre de nouvelles méthodes de surveillance de la biodiversité sous les tropiques ne doit pas être basée sur une seule étude de cas mais sur des études comparatives, avec des situations contrastées. L’objectif central est de développer et d’appliquer des approches transformatrices pour l’exploration et la surveillance de la biodiversité dans les régions néotropicales, où la biodiversité est élevée et où les connaissances de base préalables sont limitées (et souvent insuffisantes).
Actuellement, l’IRP regroupe 10 chercheurs et doctorants côté français et 9 du côté de la Colombie.

Lancement de l’IRP CEBACOL

Missions et thèmes de recherche

Sur le plan scientifique, trois domaines de recherche sont impulsés par l’IRP CEBACOL.

Premièrement, les deux unités porteuses du projet ont mené des recherches innovantes sur la génomique environnementale, et en particulier sur le métabarcoding, en Guyane française (EDB) et en Colombie (IAVH). La génomique environnementale utilise l’ADN qui peut être extrait de tout échantillon environnemental. Grâce à des techniques similaires à la criminalistique de l’ADN, il est désormais possible d’éviter les contaminations, d’amplifier les fragments d’ADN cibles, de les séquencer en utilisant la technologie de séquençage (Illumina) et d’attribuer ces séquences d’ADN à des bibliothèques de référence, ce qui permet de produire des listes d’occurrences de taxons.

Cette méthode a été développée en premier lieu pour explorer la biodiversité du monde microbien, qui constitue une grande partie de la biodiversité de notre planète (et du PCN qui lui est associé). Elle a été étendue à l’exploration des macro-organismes (animaux, plantes), grâce à l’utilisation d’un ensemble différent d’amorces d’ADN : cette méthode a été appelée génériquement «métabarcodage».

Il existe de nombreuses possibilités de synergies sur ce thème de recherche, notamment l’amélioration de la méthodologie, l’élargissement des stratégies d’échantillonnage et la réalisation de synthèses comparatives. EDB et IAvH collaborent également sur ces thématiques à travers le projet GlobNets financé par l’ANR.

Deuxièmement, cet IRP souhaite développer la recherche biogéographique en Amérique du Sud. La Colombie et la Guyane française couvrent des habitats forestiers importants mais distincts, qui abritent de nombreuses espèces d’amphibiens, d’oiseaux, de poissons et de plantes. Par conséquent, il existe de nombreuses possibilités de mener des projets de biogéographie comparative entre EDB et IAvH. L’acquisition de grandes références fiables basées sur l’ADN dans les grands groupes taxonomiques permettra d’aborder des questions fondamentales sur les origines et l’histoire de la biodiversité dans les Néotropiques.

Troisièmement, dans la mesure où l’IAvH mène des recherches à l’interface science-politique en Amérique du Sud, l’IRP mettra en lumière comment la diversité fonctionnelle et phylogénétique peut contribuer à améliorer les connaissances dans le domaine de la science de la conservation. Or, ces connaissances sont nécessaires pour la gestion des territoires : identification des zones de conservation prioritaires, restauration des écosystèmes, gestion des invasions biologiques et adaptation au changement climatique. Dans ce domaine, l’expérience de l’IAvH a déjà montré les intéractions possibles entre des programmes de recherche scientifique et les décideurs politiques et les parties prenantes. Les équipes constitutives de l’IRP CEBACOL s’appuient sur ces connaissances pour mieux partager les ressources, améliorer les bases de données et faciliter l’interface entre les politiques scientifiques.

L’amazonie colombienne

Concrètement, l’IRP CEBACOL contribue au programme de recherche en :

– facilitant l’échange d’informations concernant les défis techniques mais aussi les nouveaux défis sociétaux ;
– facilitant l’accès aux sites sur le terrain, tant en Guyane française qu’en Colombie, afin de comparer les nouvelles méthodes ;
– formant des étudiants et du personnel technique par des échanges de courte durée ou des stages de longue durée ;
– aidant les communautés de recherche respectives à acquérir et à entretenir des collaborations à long terme entre la Colombie et la France.

L’IAvH et l’UMR EDB disposent d’une excellente expertise dans le domaine de la science de la biodiversité, en ce sens l’IRP CEBACOL permet d’accroître l’échange de connaissances entre les scientifiques de ces deux équipes de recherche.